Mountainbikeschoenen zijn onder te verdelen in klikschoenen en flatpedaalschoenen, elk afgestemd op een ander pedaalsysteem. Klikschoenen hebben een uitsparing voor een schoenplaatje en zorgen voor een directe krachtoverbrenging, terwijl flatpedaalschoenen een stroeve rubberzool gebruiken voor grip zonder vaste koppeling. Binnen beide categorieën bestaat een verdere onderverdeling naar rijstijl: crosscountry-schoenen zijn licht met een stijve zool voor maximale efficiëntie, terwijl enduro- en gravitymodellen een stevigere, meer beschermende constructie hebben. Materialen variëren van ademende synthetische bovenlagen voor warm weer tot waterdichte membranen voor gebruik in nattere omstandigheden. Merken als Giro en Northwave bieden voor elk van deze rijstijlen gerichte modellen.
Het juiste type mountainbikeschoen hangt af van het terrein en de intensiteit van de rit. Bij lange tochten op wisselend terrein telt vooral comfort en een goede pasvorm, omdat je urenlang in het zadel zit. Op technisch, ruig parcours met wortels en rotsen bieden stevigere schoenen met versterkte neus extra bescherming tegen stoten. Voor wedstrijdgerichte crosscountry-ritten kiest een rijder juist voor een lichte, stijve schoen die energieverlies tijdens het trappen minimaliseert.
Bij het kiezen van mountainbikeschoenen bepalen het pedaalsysteem, de zoolstijfheid en de pasvorm samen het comfort en de prestatie. Het pedaalsysteem, klik of flat, moet aansluiten op de pedalen die al op de fiets gemonteerd zijn, anders werkt de schoen niet naar behoren. Een stijvere zool verhoogt de efficiëntie bij het trappen, terwijl een flexibelere zool meer comfort geeft bij het lopen naast de fiets. Omdat voeten tijdens inspanning enigszins uitzetten, past een schoen het beste met een klein beetje extra ruimte voorin. De keuze tussen mountainbikeschoenen dames en mountainbikeschoenen heren draait vooral om een pasvorm die aansluit op de voetvorm.
Mountainbikeschoenen met een klikzool zijn wel degelijk geschikt om in te lopen, dankzij een verzonken schoenplaatje dat niet direct op de grond drukt. Dit maakt het makkelijker om af te stappen bij technische stukken of om de fiets een stukje te dragen. Flatpedaalschoenen lopen nog comfortabeler, omdat de rubberzool vergelijkbaar is met een gewone sportschoen.
Mountainbikeschoenen hebben een geprofileerde, stroeve zool met grip, terwijl racefietsschoenen een gladde, stijve zool zonder profiel hebben. Deze grip is nodig omdat mountainbikers regelmatig moeten afstappen op los of modderig terrein. Racefietsschoenen zijn daarentegen volledig geoptimaliseerd voor continu fietsen op verharde ondergrond, zonder de noodzaak om te lopen.